和生物信息學沾邊的編程語言浩如煙海，Biophp、Biojava、BioPerl、BioPython、BioRuby等等……據Bioinformatics.org上最新的投票顯示（http://www.bioinformatics.org/poll/index.php?dispid=16）：BioJava以17%的選擇率位列第三，僅次于Python和PERL。如果考慮到在其他領域的受歡迎程度和程序執行速度，則Java又大幅勝出。那么BioJava能做些什么呢？目前，其功能主要覆蓋以下幾個方面：基因組（序列轉換、基因注釋、BLAST&FASTA）；蛋白質組（等電點計算、蛋白結構預測、序列比對）、一些常用算法（遺傳算法、HMM、動態規劃等）和BioSQL（生物學數據庫支持，包括一般的數據庫類型、序列數據庫和Ontology數據庫）。就我目前使用過的極為有限的編程工具而言，與R相比，優勢在于嵌入到Java程序更為方便，缺點是不容易上手（需要先熟悉Java）；與Matlab相比優勢在于開源，與Perl相比執行效率更高。這里以簡單的DNA序列翻譯成RNA為例，介紹其安裝和初步的使用。

首先，到下面這個地址下載BioJava的發行包，目前版本為1.5，需要Java運行環境1.4.2以上。http://www.biojava.org/download/bj15/bin/BioJava1.5-bin.tar.gz

Java環境的配置這里就不再啰唆啦，有問題的可以參考某酷的“實踐分享之一”。

把上面的那個壓縮包放開到方便的目錄(我這里是C:/)，在CLASSPATH環境變量中加上這些：

C:/biojava-1.5.jar;biojava的核心文件

C:/bytecode.jar;biojava運行的必須文件

C:/commons-cli.jar;僅在編譯和使用某些Demo時才會用到

下面這三個是僅涉及到BioSQL時才會用到的包

C:/commons-collections-2.1.jar;

C:/commons-dbcp-1.1.jar;

C:/commons-pool-1.1.jar

配置完畢后在C盤新建一個test.java文本文檔，輸入以下內容：

import org.biojava.bio.symbol.*;

import org.biojava.bio.seq.*;

public class test {

public static void main(String[] args) {

try {

//make a DNA SymbolList

SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccgaatcgtaa");

symL = DNATools.toRNA(symL);

//just to PRove it worked

System.out.println(symL.seqString());

}

catch (IllegalSymbolException ex) {

//this will happen if you try and make the DNA seq using non IUB symbols

ex.printStackTrace();

}catch (IllegalAlphabetException ex) {

//this will happen if you try and transcribe a non DNA SymbolList

ex.printStackTrace();

}

}

}

回到C盤根，如果上述過程一切順利，輸入javac test.java 和java test就能看到運行結果：

augccgaaucguaa