最近從Windows遷到Ubuntu，其中很多軟件都不一樣了。

一一更新，發現以很多軟件的功能不比windows差，甚至更強，但是要熟悉起來要花不少的時間。在安裝的過程，google了很多文章介紹，但是經常是一些過期的文章，針對過期的版本，或者過期的操作系統，看了以后安裝了，結果反而是不對的。非常的遺憾。

所以找資料的時候，要看好是版本，系統，或者有沒有更全面的文章。

我的系統是Ubuntu 7.10
先列一下我安裝的軟件列表：
綜合性的軟件有以下的：
openoffice.org
GIMP
DIA
pidgin
emacs
mysql
pdfedit
acrobat reader
綜合性軟件大部分安裝都很順利，其中pidgin好象是自己編譯的。其它都是
sudo apt-get install xxxx

生物專業的軟件：
bioperl
emboss(Jemboss)
staden package
blast
clustal
R
texLive2007(kile)
emacs
其中texLive是以前下的，在windows下安裝用的是同一張光盤。

要注意的是emboss和staden二個軟件。

其中emboss的安裝，因為需要Jemboss所以下了以后在jemboss的文件夾里有安裝文件的。在EMBOSS-5.0.0/jemboss/utils下有一個叫install-jemboss-server.sh的文件，安裝一步一步下來就行了。每一步的參考在jemboss的上有介紹。

staden其實是不用安裝的。只要下載了就可以直接運行，不過要設置運行的時選項。