一、目錄權限設置很重要：可以有效防范黑客上傳木馬文件.

如果通過 chmod 644 * -R 的話，php文件就沒有權限訪問了。
如果通過chmod 755 * -R 的話，php文件的權限就高了。

所以就需要分開設置目錄權限和文件權限：

linux 服務器權限：經常要用到的命令:

find /path -type f -exec chmod 644 {} /;  //設置文件權限為644
find /path -type d -exec chmod 755 {} /;  //設置目錄權限為755

設置完成后，再通過命令：chown root:root * -R 將目錄和文件的所有者改為root。

這樣就更加安全了。

FTP用戶，確定使用的是linux主機。windows需要登錄到服務器中設置。
進入到phpcms 安裝根目錄，選取所有文件：
設置數字值為：755，同時選定：選擇遞歸處理子目錄，只應用到目錄
同樣再選擇所有文件，數字值為：644，選擇遞歸處理子目錄，只應用到文件
如果設置錯了，重新再設置就可以了。

二、Linux find命令 查找可疑的木馬文件

查找：30天內被修改的文件
find  ./  -mtime  -30  -type f  -exec ls -l  {} /;
找到目錄下所有的txt文件
find ./ -name "*.txt" -print
找到目錄下所有的txt文件并刪除
find ./ -name "*.txt" -exec rm -rf {} /;
找到目錄下所有的php文件 并且在30天之類被修改的文件
find  ./ -name "*.php" -mtime  -30  -typef  -exec  ls -l  {} /;
找到目錄下所有的php文件，同時，滿足 30天以內，1天之前的
find ./ -name "*.php" -mtime -30 -mtime +1 -type f -execls -l {} /;

三、通過apache配置限定：

1、apache 下 禁止目錄執行php
通過目錄下面放置 .htaccess文件來限制權限。
該方法會將php文件當做附件并下載。同時，可以通過瀏覽器訪問到文件。
php_flag engine off

使用場景：在下面目錄放置
/uploadfile/
/statics/
/html/
/phpsso_server/uploadfile/
/phpsso_server/statics/

2、禁止通過瀏覽器訪問所有文件

通過目錄下面放置 .htaccess文件來限制權限。
RewriteEngine on
RewriteRule ^(.*) /index.html

使用場景：
/caches/
/phpsso_server/caches/

3、禁止php跨目錄瀏覽權限配置：

虛擬主機配置樣例：
<VirtualHost *:80>
    ServerAdmin root@phpip.com
    DocumentRoot /data/wwwroot/www
    ServerName www.phpip.com
    <Directory  /data/wwwroot/www>
        Options  FollowSymLinks
        AllowOverride Options FileInfo
        Order allow,deny
        Allow from all
        php_admin_value open_basedir /data/wwwroot/www/:/var/tmp/
        DirectoryIndex index.htm index.html index.php
    </Directory>
    ErrorLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-error_log 86400 480"
    CustomLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-access_log 86400 480" common
</VirtualHost>

4、按天存放apache日志：

參考上面配置文件：
    ErrorLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-error_log 86400 480"
    CustomLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-access_log 86400 480" common

文件權限
　　安裝文件
　　刪除/install安裝目錄
　　文件權限
　　PHPCMS安裝結束以后，在您不需要對系統核心配置文件進行修改時，請將phpcms文件夾屬性修改為644(windows服務器下登錄服務器直接修改時請設置為“只讀”)
　　虛擬主機控制面板-安全設置-設置執行/寫入權限 web/phpcms取消此目錄的執行、寫入權限 關閉網站即web的寫入權限ftp將無法上傳或修改任何文件，同時網站無法再發文緩存，遭受惡劣攻擊時可以這么做。因為虛擬主機服務器上有非常多的網站空間，如果別人沒有取消權限，黑客或許可以找到漏洞進行跨站修改。
　　讀取權限就點擊查看權限，寫入權限就是上傳東西到ftp的權限，執行權限就是asp和php腳本的權限，如非必要不必開啟，為了網站安全考慮。
　　在線編輯
　　caches/configs/system.php
　　'tpl_edit'=>1,//是否允許在線編輯模板
　　將1改為0取消后臺在線編輯模板
　　錯誤提示
　　caches/configs/system.php
　　'debug' => 1, //是否顯示調試信息
　　1修改為0
　　開了就是如果前臺出現了sql錯誤等信息 就不顯示具體的錯誤代碼 用一行文字代替
　　不會暴露程序信息
　　后臺設置
　　帳戶安全:將后臺地址admin.php改為自定義，用戶名不要使用常見用戶名，密碼字母數字組合，用戶名密碼不重復包含。在前臺發布的文章的編輯和作者中不要顯示真實的用戶名。
　　安全配置：設置-安全配置(后臺登陸次數、間隔、域名<慎用>)
　　角色權限：設置-角色管理(成員、權限、欄目)
　　口令驗證：設置-管理員管理-口令卡，設置后登錄時需要輸入動態密碼(選用)
　　木馬查殺：擴展-木馬查殺
　　操作日志：擴展-后臺操作日志
　　前臺安全
　　會員系統
　　注冊：用戶-會員模塊配置(是否允許注冊、郵箱手機驗證、驗證碼等)
　　權限：用戶-管理會員組(組別權限)
　　投稿：一級欄目修改-權限設置，應用到子欄目(游客不允許);工作流：一級審核
　　會員中心：在線投稿，刪除轉向鏈接
　　前臺文章：作者昵稱(管理員顯示站名)
　　友情鏈接
　　后臺模塊配置不允許申請，首頁刪除申請鏈接入口，防止惡意提交，頁腳留QQ就行了
　　升級補丁
　　在線升級：做好備份，擴展-在線升級，選中升級，注意不要選中模板，否則你改的模板將全變成默認的，升級后臺有些會還原，再次修改即可，升級后根目錄會增加install安裝目錄，將之刪除。
　　手動升級：做好備份，官方補丁下載，比對替換。
　　保護查殺
　　保護加速：360網站衛士、安全聯盟加速樂
　　漏洞查殺：360網站檢測、安全聯盟