以下是DNA序列，存儲在window下F：/perl/data.txt里面：
下面是程序：
#首先定義四種堿基的數量為0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列進行合并成一行
#先確定所要處理的文件的路徑及文件名（在windows系統下面要按照這樣的例子寫
#f://perl//data.txt
print "please input the Path just like this f:////perl////data.txt/n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#打開文件
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#將文件賦予一個數組
@DNA=<DNAFILENAME>;
#以下兩步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s//s//g;
#將DNA分解成，然后賦值到數組
@DNA=split('',$DNA);
#然后依次讀取數組的元素，并對四種堿基的數量進行統計
foreach $base(@DNA)
{
if ($base eq 'A')
{
$count_A=$count_A+1;
}
elsif ($base eq 'T')
{
$count_T=$count_T+1;
}
elsif ($base eq 'C')
{
$count_C=$count_C+1;
}
elsif ($base eq 'G')
{
$count_G=$count_G+1;
}
else
{
print "error/n"
}
}
#輸出最后的結果
print "A=$count_A/n";
print "T=$count_T/n";
print "C=$count_C/n";
print "G=$count_G/n";
F:/>
大家仔細看一看最上面的原始 DNA序列，用特殊顏色標記的，可以看到有一個V，所以會輸出錯誤。
這里把DNA序列經過整合成一行，然后去除所有的空白字符以后，又把$DNA通過split函數變成了數組，然后進行統計，那有沒有更好的辦法呢？
其實perl里有一個函數，substr。
我們先來看一看這個函數的用法，substr是針對一個大字符串的操作符（The substr function works with only a part of a larger string )言外之意就是對一個很長的字符串，進行片段化處理，取其中的一部分。我們這里用到的就是這個特性。
$little_string =substr($large_string,$start_position,$length)
$小片段=substr（$大片段，$你要截取的小片段的起始位置，$你要截取的長度）
我們這里為了統計DNA中各種堿基的數量，所以要處理的字符串是一個堿基，所以我們要把$length設置為1。這樣才能夠滿足我們的需求。
下面我們把修改過的代碼寫下：
#首先定義四種堿基的數量為0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列進行合并成一行
#先確定所要處理的文件的路徑及文件名（在windows系統下面要按照這樣的例子寫
#f://perl//data.txt
print "please input the Path just like this f:////perl////data.txt/n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#打開文件
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#將文件賦予一個數組
@DNA=<DNAFILENAME>;
#以下兩步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s//s//g;
#然后依次讀取字符串的元素，并對四種堿基的數量進行統計
for ($position=0;$position<length $DNA;++$position)
{
$base=substr($DNA,$position,1);
if ($base eq 'A')
{
$count_A=$count_A+1;
}
elsif ($base eq 'T')
{
$count_T=$count_T+1;
}
elsif ($base eq 'C')
{
$count_C=$count_C+1;
}
elsif ($base eq 'G')
{
$count_G=$count_G+1;
}
else
{
print "error/n"
}
}
#輸出最后的結果
print "A=$count_A/n";
print "T=$count_T/n";
print "C=$count_C/n";
print "G=$count_G/n";
得到的結果如下：
F:/>
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