（1）在Quartus II的Programmer中，通過專門與EPCS連接的AS下載接口下載.pof文件到EPCS。不同之處在于將下載線連接到AS接口而不是JTAG接口，選擇編程文件時是*.pof而不是*.sof。

（2）在Quartus II的Programmer中，使用JTAG接口通過FPGA中間通道間接對EPCS進行編程。

（3）使用Nios II IDE中的Flash Programmer對EPCS進行編程。

這里要講的第一種，是常見的AS方法：

首先就是編譯好一個文件以后，就會自動生成.POF和.SOF 的文件，SOF 當然就是給FPGA SRAM 調試用的，POF 就是給AS 下載用的，

打開我們的下載對話框，

選擇下載模式

提示一些器件會丟失，因為我們常用的JTAG 模式下面的器件會找不到，因此我們直接確定

接下來我們就天劍POF 文件

選中 編程，校驗，就可以點擊開始下載了！

下面講解一種JTAG 模式下面的配置方法，轉換生成一個JIC （JTAG Indirect Configuration File ）

在Quartu s II 界面選擇File > C o nv ert Program mi ng Files，對 SOF 和POF 文件進行轉換，
生成各種格式的文件。將SOF 配置文件轉換為JIC 文件的步驟如下(參見圖)：

(1)  在Quartu s II 界面中選擇File >  Co nv ert Progra mmi ng Files ，打開Convert Programming Files 對話框，參照下圖，從Programmi ng file ty pe 下拉列表框中選擇編程文件的類型為JTAG Indirect Configuration File (.jic)。

(2)  在Configuration d e vi ce 下拉列表框中根據實際設計選擇被編程目標器件，對于EP1C3 選擇EPCS1 ；EP1C12選擇EPCS4 。

(3)  在File name 文本框中，輸入或瀏覽選擇JIC 文件名和存放路徑。

(4)  在Input files to convert 欄中單擊Flash Loader，使其高亮。

(5)  單擊   add device  打開Select Device (選擇器件)  對話框，如圖所示。

(6)  參照圖中選擇器件類型和型號。例如器件類型選擇Cyclone。

(7)  器件型號選擇EPlC3 ，然后單擊OK，關閉選擇器件對話框。

選擇器件

(8)  參照圖，在Input files to convert 欄中單擊SOF Data ，使其高亮。

(9)  單擊Add File 打開Select Input File (選擇輸入文件)對話框。

(10)   在該對話框中選擇要進行轉換的SOF 文件，然后單擊打開按鈕。

(11)   選擇完輸入文件后，會在SOF Data 下面出現要被轉換的輸入SOF 文件，如圖所示。單擊SOF Data 下的輸入SOF 文件使其高亮。

(12)   參照圖，單擊Properties打開SOF File Properties (SOF 文件屬性)  對話框。（注意SOF選中的時候，才能打開Properties）

通過上面的步驟，即可完成SOF 文件到JIC 文件的轉換。轉換后的JIC 文件存放到用戶指定的路徑。 

下面我們就 使用JlC 文件和Quartus II Pr ogrammer 對EPCS 編程
在第1) 步中已經將SOF 文件轉換成JIC 文件。現在可以利用JIC 文件和Quartu s II 
Programme r 對串行配置器件EPCS 進行編程。步驟如下：

(1)  打開Programme r，選中JTAG模式，確保硬件(下載電纜)已安裝，添加要進行編程，

(2)  參照下圖，選中圖中的Program/Configure 下的兩個復選框；注意，如果有打開的SOF文件，在JTAG 燒寫JIC 的時候，需要先刪除掉，

(3)  單擊戶St a rt 開始編程，等待編程完成。

以上的編程過程要確保目標系統的電源打開、下載電纜的連接良好。

利用JTAG配置EPCS芯片的方法

可以不用AS接口，而用JTAG接口配置EPCS器件，具體操作步驟如下：

1.在QuartusII中打開工程，然后編譯鏈接，生成JTAG配置文件.sof；

2.選擇File->Convert Programming Files，調出Convert Programming Files對話框；

3.Output programming file對話欄內，Programming file type選擇JTAG Indirect Configuration File(.jic)；

4.Configuration device選擇你所使用的配置芯片，如EPCS16；

5.File name填寫輸出文件的名字，如output_file.jic；

6.Input files to convert對話欄內，選中Flash Loader，點擊Add Device按鈕，在彈出對話框中選擇你的FPGA芯片，如EP2C35；

7.選中SOF Data，點擊Add File按鈕，在彈出的資源瀏覽器中找到并選中編譯生成的.sof文件，點擊打開按鈕；

8.點擊Generate按鈕生成output_file.jic文件；

9.打開Programmer對話框，選擇JTAG模式；

10.點擊Add File按鈕，選擇output_file.jic文件，并在Program/Configure復選框上打勾；

11.確定鏈接好JTAG電纜后，點擊Start，QuartusII會先配置FPGA，然后再有FPGA燒寫配置芯片。

利用這種方法可以在不使用AS接口的情況下完成對配置芯片的燒寫，缺點是配置過程時間稍長，且每次配置完之后，要將板卡斷電后重新加電，程序才能開始運行。我所使用的FPGA芯片和配置芯片分別是，Stratix II EP2S60和EPCS64，以及Cyclone II EP2C35和EPCS16。

FPGA——下載程序的方法（這里指把程序下載到配置芯片中）

1.無Nios情況下

（1）利用AS口和.pof配置文件

（2）利用JTAG口和.JIC、.JAM文件

2．有Nios情況下

（1）利用AS口和.pof配置文件

操作方法：SOPC_Builder中添加onchip_rom和onchip_ram（或其他RAM）

Nios 的cpu內核設置：Reset：onchip_rom 

Exception:onchip_ram（或其他RAM）

（2）在Nios IDE中用Flash Programmer

操作方法：SOPC_Builder 中添加EPCS_controller，SDRAM或SRAM

Nios 的cpu內核設置：

Reset：EPCS_controller

Exception:SDRAM（或SRAM）

Nios IDE 中的設置： stdout:null stderr:null

programme memory:SDRAM

Quartus軟件中下載.sof或.pof文件，選擇對應的模式（JTAG，AS）

然后在IDE中Tools——>Flash programmer 選擇你要下載的工程和.sof文件，Hardware Image：Custom 運行即可

其中，第一種方法是當用戶程序比較小時可以用，當用戶程序比較大時，就會超出onchip_ram的容量。

需要注意一點：在Quartus中Assignment》Setting中Device and Pin Option>Configration,選擇Active Serial模式，然后選擇Flash的型號